Shinobi (忍), ook door elkaar aangeduid als ninja (忍者), zijn de primaire focus en de belangrijkste militaire macht in de serie. Een vrouwelijke ninja staat bekend als een kunoichi (く ノ 一). De meesten komen uit een Hidden Village, waarvan sommigen uit gespecialiseerde ninja-clans komen en tegen een vergoeding missies uitvoeren. Deze missies kunnen omvatten: het doen van handarbeid, werken als escorte, het verzamelen van geheime informatie, het ophalen van gestolen spullen, het uitvoeren van moorden, enz. In tijden van oorlog zullen ninja's samenkomen om hun dorpen en land te verdedigen. Het duidelijkste kenmerk van een shinobi is hun vermogen om chakra te manipuleren om technieken te creëren en te gebruiken. Van shinobi word verwacht dat ze hun leven lang loyaal zijn aan hun dorpen, en eventuele overlopers worden als missing-nin beschouwd en worden gemarkeerd voor de dood.
Jutsu
Jutsu (術, betekent letterlijk: vaardigheden/technieken) zijn de mystieke kunsten die een ninja in de strijd zal gebruiken. Om een techniek te gebruiken, moet de ninja chakra gebruiken. Om een techniek uit te voeren, zal de ninja de twee energieën van chakra naar buiten brengen en loslaten. Door handzegels te vormen, kan de ninja de gewenste techniek gebruiken. Vanwege het uitgebreide aantal handzegels en verschillende combinaties, zijn er duizenden potentiële technieken om ontdekt te worden.
Shinobi kunnen verschillende technieken gebreuiken die vaak gebaseerd zijn op het gebruik van chakra.